Dolfinaria roepen belangrijke ethische zorgen op als het gaat om het welzijn en rechten van dolfijnen en andere zee(zoog)dieren. Het fundamentele standpunt is dat deze prachtige wezens eenvoudigweg niet thuishoren in dolfinaria. Het ethische aspect van het opsluiten van dieren puur voor menselijk vermaak is onaanvaardbaar.
Naast de ethische bezwaren worden dieren in dolfinaria ernstig beperkt in hun leef- en bewegingsruimte, waardoor hun natuurlijke gedrag vrijwel onmogelijk wordt gemaakt. Bijvoorbeeld, dolfijnen kunnen hun jachtinstinct niet volgen en kunnen hun sonar, een van hun essentiële zintuigen, niet fatsoenlijk gebruiken. Zelfs in de grootste dolfinaria ter wereld bevinden de dieren zich in minder dan 0,000001% van hun natuurlijke leefruimte. Dolfijnen, bekend als uitstekende lange-afstandzwemmers, kunnen tientallen kilometers per dag afleggen en tot 200 meter diep duiken, terwijl ze in dolfinaria beperkt zijn tot kleine, kunstmatig samengestelde bassins.
De sociale structuren van deze intelligente dieren worden verstoord doordat ze worden opgevoed in kleine, door mensen samengestelde groepen. Familiebanden worden vaak kunstmatig verbroken door het scheiden van dieren in verschillende bassins of tussen dolfinaria uit te ruilen. De kunstmatige omgevingen in dolfinaria, inclusief chloorverbindingen in het water en blootstelling aan schallende muziek en grote menigten klappende mensen, staan haaks op de natuurlijke leefomstandigheden van dolfijnen.
